Nació en Ronda el 8 de diciembre de 1879 en la calle los Remedios nº 2, dentro de una familia acomodada de clase media. Su abuelo materno era sobrino del célebre político y orador Antonio Ríos Rosas. Su infancia y adolescencia trascurrirían entre Ronda, Cádiz y Córdoba. Cursando sus estudios de bachillerato en Córdoba compartiría estudios con los hermanos Ortega y Gasset, cuya amistad duraría a lo largo de los años.

El año 1895 marca una nueva etapa decisiva en la vida de Fernando. Poco a poco la asistencia a las clases de Derecho de su tío Giner de los Ríos y la participación de Fernando en las actividades de la Institución , hicieron de esta relación una estrecha unión intelectual y espiritual.

Se licencia en 1901 y trabaja temporalmente en Barcelona, tras lo cual De los Ríos, vuelve a Madrid para trabajar como profesor de la Institución , cumpliendo su mayor deseo.

El 1 de julio de 1912 contrae matrimonio con la sobrina carnal de Giner, cuyo romance comenzó durante su estancia en Barcelona, Gloria Giner de los Ríos García.

Se instala en Granada, su casa se convertiría en centro de reunión de personajes destacados en el mundo político, artístico e intelectual de la ciudad como: Falla, Zuloaga, García Lorca, M. Fernández Almagro, Alejandro Otero, García Valdecasas, Mesa Moles.

En 1919 sus convicciones se afianzan afiliándose en mayo de 1919 al Partido Socialista.

Su carrera dentro del partido fue muy exitosa desde el comienzo. Tras un viaje y debido a las condiciones impuestas por Lennin, de los Ríos expone y defiende en el Congreso su negativa a la entrada en la III Internacional , año 1921. El Congreso aceptó sus razonamientos.

Se instauró la II República con los ministros provisionales Indalecio Prieto, Largo Caballero y Fernando de los Ríos el 14 de abril de 1931. Un día después de los Ríos sería nombrado Ministro de Justicia. Realizó un trabajo decisivo en la redacción de los artículos más significativos y complicados de la Constitución republicana del 9 de diciembre de 1931.

Nombró a la que fuera la primera mujer al mando de un cargo emblemático, Victoria Kent, como Directora General de Prisiones. Desde diciembre de 1931 hasta junio de 1933 está al frente del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes, lo que es hoy Educación, donde desempeña un crucial papel. Fundó la Universidad Internacional Menéndez y Pelayo de Santander; redactó la reforma de las enseñanzas universitarias de Filosofía y Letras y de Magisterio; la reforma de la introducción del bilingüismo en las escuelas; la creación de la Escuela Única y Unificada y los Consejos Escolares; dio un vuelco en desarrollo para la educación: incrementó los presupuestos educativos, subió los salarios del profesorado y creó más de 14.000 escuelas.

Durante la Guerra Civil se encargó de la embajada española en París y más tarde en Washington. En 1939 tras la derrota de la República de los Ríos abandona la embajada y ejerce como profesor en la New School for Social Research de Nueva York.

Murió en Nueva York tras una larga enfermedad el 31 de mayo de 1949, sus restos no descansaron en España hasta el 28 de junio de 1980 donde reposan en el Cementerio Civil de Madrid.